关于结核分枝杆菌标准株H37Rv mazEF3 基因过表达菌株的研究
专栏:毕业论文
发布日期:2019-07-29
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作者:佚名
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结核病(tuberculosis,TB)是由结核分枝杆菌(Mycobacteria tuberculosis,MTB) 感染引起的慢性传染病,是一个严重的公共卫生问题。
结核病(tuberculosis,TB)是由结核分枝杆菌(Mycobacteria tuberculosis,MTB) 感染引起的慢性传染病,是一个严重的公共卫生问题。结核病发病人数始终位居甲、乙两类传染病前列,每年死亡人数超过200 万。随着人口流动性的增加、MTB 耐药率的增加、艾滋病等免疫缺陷疾病日益增多,结核病,这一古老的疾病有死灰复燃之势。毒素- 抗毒素系统(toxin-antitoxin system,TAS)广泛存在于各种原核生物,结核分枝杆菌标准株H37Rv 上有38 个可能是毒素- 抗毒素的位点。典型的TAS 是共表达的两个基因组成,一个是编码稳定的毒素蛋白,另一个编码不稳定的抗毒素蛋白。TA系统最初被发现存在于低拷贝的质粒中,随后的研究表明,其也存在于染色体上,但对其是否来源于质粒,还很难判断。
控制结核病的耐药性、复发性依然是疫情防控的重要手段之一,而持留性是其产生的重要原因,结核分枝杆菌的TA 系统被认为与其持留性及潜伏感染相关。因此对结核分枝杆菌的TA 系统功能的研究有望为新型抗结核药提供新靶点。本研究通过构建及初步鉴定结核分枝杆菌毒素- 抗毒素系统中mazEF3 基因的过表达菌株,为进一步研究结核分枝杆菌毒素- 抗毒素系统的生物学作用奠定基础。 1 材料与方法 1.1 材料 1.1.1 菌株和质粒 结核分枝杆菌标准株H37Rv、大肠杆菌E.coliDH-5ɑ、大肠杆菌- 结核分枝杆菌穿梭载体pMV361均由本实验保存。 1.1.2 主要试剂 pMD-19T、T4 DNA 连接酶购自TaKaRa 公司;SYBR 酶(ABI 公司),7H9 粉末、OADC(BD 公司),限制性内切酶EcoRI/HindIII 购自Fermentas 生物技术有限公司;2×Taq PCR MasterMix、质粒小提试剂盒、琼脂糖凝胶回收试剂盒、DNA 聚合酶购自北京天根生物公司、Marker ( Thermo 公司的SM0331、Tiangen 公司的Marker II)。LB 培养基由本实验室自配(胰蛋白胨1 g,酵母提取物0.5 g,氯化钠1 g,蒸馏水定容至100 mL)。引物合成及DNA 测序由上海生物工程有限公司完成。 1.2 方法 1.2.1 结核分枝杆菌标准株H37Rv DNA 的提取用接种环将结核分枝杆菌标准株H37Rv 接种至酸性改良罗氏培养基上,37 ℃温箱孵育3 周,取对数生长期的结核分枝杆菌,用细菌DNA 提取试剂盒(Tiangen 公司) 提取DNA,进行DNA 凝胶电泳鉴定及利用紫外分光光度计检测DNA 浓度及纯度。 1.2.2 设计引物 本研究参照GenBank 中mazEF3 基因序列,使用Primer Premier 5.0 软件设计引物, 送上海生工合成,序列如下:F-CAGACGAATTCTGTAGACCTATGCCACCAC;R-TGATAAGCTTGACCATACTTCTGAATGTAC。 1.2.3 目的片段扩增 用PCR 扩增H37Rv 的mazEF3 基因,反应体系:50μL,DNA 模板2 μL,上游引物2 μL,下游引物2μL,dNTP 1 μL(25 mmol/L each),10× pfu Buffer 5μL,Pfu 0.4 μL (5u/μL),ddH2O 补足至50 μL。PCR反应条件:95 ℃ 预变性3 min,94 ℃ 变性30 s,58℃ 退火30 s,72 ℃ 延伸60 s,35 个循环;72 ℃继续延伸6 min。扩增产物用凝胶电泳初次鉴定,用DNA回收试剂盒回收、纯化凝胶中的mazEF3 片段,回收方法按试剂盒中步骤进行。
1.2.4 PCR 纯化产物与载体的双酶切 PCR 产物的酶切,反应体系为PCR 产物20 μL,EcoRI 1 μL (10u/μL),HindIII 1 μL(10μ/μL),FD Buffer 5 μL,ddH2O 补足至50 μL。载体酶切,pMV361 1.5 μg,EcoRI 1 μL (10μ/μL),HindIII 1μL (10μ/μL),FD Buffer 10 μL,ddH2O 补足至50μL。将以上体系均放入37 ℃恒温水浴锅中反应3h,电泳回收目的条带。 1.2.5 目的片段与载体连接 连接体系20 μL,PCR 产物双酶切的目的片段6 μL (50 ng),双酶切的pMV361 目的片段1 μL(100 ng),10 ×T4 DNAligase Buffer 2 μL,T4DNAligase 1 μL (5u/μL),ddH2O 补足至20 μL。以上体系放入22 ℃恒温水浴锅中反应3 h。 1.2.6 转化、筛选克隆 取出-80 ℃冰箱中的DH5a,并制备成DH5a 的感受态细胞。将连接液加入到DH5a 的感受态细胞中,冰上孵育30 min,然后42 ℃水浴90 s,继续冰上孵育10 min,加入1 mL 不含抗生素的LB 液体培养基,180 r/min 37 ℃水平摇床45 min,3000r/min 离心20 s,倒掉部分上清液,留取200 μL 即可,重悬菌体,然后涂布到含有0.05 g/L kanamycin的LB 平板上。挑取单菌落,提取DH5a 菌内重组质粒,经过PCR 及双酶切鉴定,得到重组质粒的目的基因片段,并将PCR 扩增目的片段及酶切小片段送上海生物工程有限公司测序。结果显示质粒中成功插入了mazEF3 基因,由此可知,成功构建了重组穿梭质粒pMV361-mazEF3。 1.2.7 H37Rv 过表达菌株的构建 用22SWG 标准接种环刮取对数期的H37Rv 置于含玻璃珠的无菌EP 管中破细菌膜,水平震荡仪中震荡30 min, 制成菌悬液移入EP 管中, 冰浴30min,4 ℃ 8000 rpm/min,离心10 min,弃上清,将菌体重悬于10%预冷甘油中,与标准麦氏比浊管比对,调成1×108/mL菌悬液,成为H37Rv 的感受态形式。 设置9 个平行组,不同电压条件下构建过表达菌株, 电压分别为1800、1900、2000、2100、2200、2300、2400、2500、2600 V, 每组操作均如下, 取2μL 重组表达质粒pMV361-mazEF3 和200μLH37Rv 感受态混匀,冰浴20 min,移入电击杯底部,用不同的预定电压电击一次,然后移入7H9 培养基中,37 ℃摇床过夜,取30 μL涂到含卡那霉素的罗氏培养基上,37 ℃培养孵育,同时接种正常的H37Rv 作为对照,因电击对细菌损伤较大,菌体生长缓慢,0~5 周检测细菌生长情况,并传15 代。 1.2.8 过表达菌株重组质粒的mazEF3 基因鉴定取构建的过表达菌株的第一代菌体、转接后的第二代、第三代菌体,第十五代菌均用质粒提取试剂盒提取质粒,以此为模板,PCR 扩增重组质粒的mazEF3 基因,鉴定扩增产物,EcoRI、HindIII 限制性双酶切所提取质粒,得到大小2 个片段,将其中目的基因片段送上海生物工程有限公司测序。 1.2.9 检测过表达菌株生长情况 用22SWG 标准接种环,挑取含卡那霉素的罗氏培养基上生长的菌落。用标准麦氏比浊管比对,均调成1×106/mL菌悬液,分别移入10 mL 7H9 液体培养基的试管中,37 ℃恒温摇床150 r/min 培养。根据结核分枝杆菌生长特点,设定了10 个时间观测点,分别为接菌后的第0、3、6、9、12、15、18、21、24、27、30天,观测其不同时间点的菌浓度,并绘制生长曲线。 1.2.10 实时荧光定量检测mazEF3 mRNA表达水平 用细菌RNA 提取试剂盒(RNeasy Plus UniversalMidi Kit)提取细菌总RNA,为减少RNA 降解,离心机温度设定为4 ℃,所有操作在冰袋上进行,并根据核酸蛋白检测仪检测D260/280 紫外吸收率,确定RNA 纯度,琼脂糖凝胶电泳观察其完整性。按照试剂盒(TIANScript RT Kit-TIANScript cDNA 第一链合成试剂盒)说明书,逐步逆转录合成cDNA。实时荧光定量检测不同电压转化条件下及对照组H37Rv菌株的表达量。 2 结果与分析 2.1 原始目的基因片段的获得 用设计好的上、下游引物,以H37Rv 的DNA 为模板, 进行PCR 扩增H37RvmazEF3 基因,得到大小为600-700 bp 的片段,与已知的mazEF3 基因片段大小(667 bp)一致。 2.2 PCR 及双酶切鉴定构建的质粒mazEF3 基因 以提取的过表达菌株中的重组质粒为模板,PCR 扩增出目的条带,大小约670 bp, 与已知H37Rv 的mazEF3 基因大小(667 bp)相符。用EcoRI 和HindIII 限制性内切酶双酶切质粒,获得2个片段,1 个大片段,1 个小片段。琼脂糖凝胶电泳显示,小片段为目的片段,大小约670 bp,另1 个是质粒片段,大小约为4500 bp。将构建的结核分枝杆菌过表达菌株的第2 代、3 代、15 代,分别提取重组质粒,均可以得到目的片段,说明此方法构建的过表达菌株具有遗传的稳定性。将PCR、双酶切得到的目的片段送上海生物工程有限公司进行序列测定,用DNAman 软件将测序结果和GeneBank 中的序列进行比对,结果显示两者的核苷酸同源性为100%。这说明在重组过表达质粒pMV361-mazEF3 基础上,构建的过表达菌株成功。
2.3 不同菌株的菌落形态观察 在含100 μg/mL 卡那霉素的培养基上,1800-2100V 和2600V 电转的没有菌落的生长,电转在2200-2500V 条件下的过表达菌株生长良好,观察菌落大小、形态、色泽、隆起程度、致密度、边缘无明显差异。对照组H37Rv 在卡那霉素培养基中没有观察到菌落的生长。 2.4 液体培养基中两种菌株生长情况的观测 根据结核分枝杆菌生长特点,设定了10 个时间观测点,分别为接菌后的第0、3、6、9、12、15、18、21、24、27、30 天,观测其不同时间点的菌浓度。mazEF3 过表达菌株的OD600 分别为0、0.02、0.14、0.3、0.6、1.1、1.6、1.63、1.76、1.62、1.51; 对照组H37RV 的OD600 分别为0、0.052、0.27、0.562、0.839、1.317、1.602、1.627、1.759、1.784、1.785 并绘制生长曲线。 2.5 不同电转条件下mazEF3 表达量 荧光定量PCR 检测过表达组和正常H37Rv 对照组的mRNA 表达量,在电转电压为1800、1900、2000、2100 及2600 V 时,未检测到mazEF3 的mRNA 表达,其他电压下ΔCt 值(+S 表示)。检测过表达菌的变化量=2-ΔΔct(ΔΔCt=ΔCt 过表达菌-ΔCt 正常的H37Rv),与正常H37Rv 对照组相比,2200V 的表达量上调了6.24 倍,2300V 构建的过表达菌上调了16.78 倍,2400V 的过表达菌上调了11.11 倍,2500V 的过表达菌株上调了2.56 倍. 3 讨论 结核分枝杆菌H37Rv 的测序工作已经在1998年完成,但大量基因功能尚未阐明。把目的基因敲除和过表达是基因功能研究的基本方法,快速高效的构建方法将大大增加基因研究的效率。本实验通过重组pMV361-mazEF3 质粒,并将该重组表达质粒导入H37Rv 中,实现了mazEF3 mRNA 在结核分枝杆菌中的稳定表达。电转化是利用高电压脉冲使细胞膜产生瞬间可逆性裂隙,质粒从而有机会进入菌体的原理。相对于化学方法,电转化法可以获得更高的转化效率,重复性较好,导入效率高。pMV361-mazEF3 的mazEF3 mRNA 在结核分枝杆菌中稳定表达,同时对载体菌自身无影响,且具有卡那霉素抗性片段,提供了一个筛选标志,是研究结核分枝杆菌基因过表达较理想的载体质粒。 毒素- 抗毒素系统,在1982 年低拷贝质粒中首次被发现,随后发现也存在于细菌染色体上,还存在于细菌的外源DNA 岛如噬菌体、转座子等。目前已经发现的TA 系统主要分为9 个家族, 分别是ccd AB、par DE、maz EF、rel BE、phd/doc、vap BC、Hip BA、hig BA 和ω-ε-ξ。MazEF 系统是在大肠杆菌染色体发现的第一个TA 系统。TA 系统的毒素成分单一,均为蛋白质,但是抗毒素成分多样,可以是反义的mRNA,可以是抗毒素基因表达的蛋白质。MazEF 系统对细菌的生长调解起到重要作用,与细胞的程序性死亡,持留性有关,细菌在环境不利的条件下,形成持留状态,提高菌体对周围环境的适应性。 具有mazEF 系统的大肠埃希氏菌,比缺失突变株中的菌体更耐受氨基酸饥饿、紫外线照射、高温、高渗等不利条件,更耐受应活性氧、过氧化氢的刺激。对TA 系统的作用,目前还存在争议,从单个菌体来看,mazEF 系统不利于个体的生存,但在遭遇恶劣生存环境时,mazEF 系统介导的死亡被认为是一种“利他”行为,营养条件不足以支撑整个菌群时,一部分细菌的程序性死亡,可以保证小部分细菌的存活,防止整个菌落的灭亡。mazEF 系统选择性凋亡在发展新型抗菌药物方面具有极好的前景,如果将其原理应用在细菌药物的研发,将有可能选择性清除细菌,无副作用产生,为防控治病菌提供了新靶点。 本研究观察了9 组不同电转条件下,mazEF3mRNA 的分子水平表达量,以确定最佳的转化电压。在电转电压为1800V-2100V 时电转不成功,可能因为电压过低,很难极化产生孔洞,电转电压为2300V时,mazEF3 mRNA 的表达量最高。但是电压超过2300V,随着电转电压的增加,表达量是减少的,到2600V 电转的过表达菌株并未构建成功,说明过高的电压使结核分枝杆菌损伤过大而造成菌株的死亡,并不能增加转化效率。 通过生长曲线,我们可以观察到过表达菌株在接菌后的20 d 内生长速度明显慢于对照组的H37RV,到达平台期后,两组的菌量基本持平。但是过了26 天,mazEF3 过表达组菌株的凋亡速度明显快于对照组的H37RV,可能随着营养成分的耗尽、代谢废物的增加,不利的生存环境的条件下,mazEF系统介导的自身凋亡体制被启动。 目前,对mazEF 系统功能的研究,主要集中在大肠埃希氏菌等革兰阴性菌。对于结核分枝杆菌中的mazEF 系统的功能,是否也参与着生长调控、是否参与着结核分枝杆菌传播及宿主细胞内寄生,菌体自身代谢的调整,有待进一步研究。我们运用相同的方法,随后也构建出mazEF6、mazEF9 的过表达菌株,因方法相同,不再赘述。mazEF3、mazEF6、mazEF9过表达菌株的成功构建为进一步研究结核分枝杆菌mazEF 系统的功能奠定了基础。